Jøssund har vært kirkested siden middelalderen. Den gamle kirka lå et par kilometer sørvest for dagens bygg, på gården Jøssund, og skal ha vært fra 1400-tallet. Det eldste kjente skriftlige belegget er Reformatsen fra 1589, der stedet står som Jøssen annex under Åfjord.
Vinduer ble satt inn i gamlekirka omkring 1660, og på 1770-tallet ble det gjort større reparasjoner. Da Gerhard Schøning besøkte stedet i 1774, var Jøssund fortsatt anneks. Utover 1800-tallet ble kirka for liten, og det oppsto en langvarig strid om hvor et nytt bygg skulle ligge.
Løsningen ble å flytte kirkestedet til Mandal, og den nye kirka sto ferdig i 1875. Den ble vigslet 27. april 1876 av biskop Andreas Grimelund. Gamlekirka ble revet. Tegningene var laget av Otinius Forbrægd, og de samme tegningene ble tre år senere brukt til Nes kirke.
Kirka er en hvit langkirke i tre med stående panel, tårn i sørvest og polygonalt avsluttet kor. Altertavla har en kopi etter Adolph Tidemands maleri Oppstandelsen. Døpefonten er overtatt fra gamlekirka, og prekestolen står i høyre kant av koråpningen. Galleriet ligger innenfor inngangen.
Kirka ble restaurert tidlig på 1950-tallet etter planer av arkitekt John Egil Tverdahl og gjeninnviet 29. mai 1953. Etter en lokal tradisjon skal tømmeret i kirka opprinnelig ha kommet fra Markabygda i Skogn, der det først ble reist og deretter fraktet til Jøssund – dette er ikke bekreftet i andre kilder.
