Hindrem har vært kirkested helt tilbake til middelalderen. I reformatsen av 1589 nevnes «Hindareims kirkja», og den første kirka på stedet var en stavkirke. Vi vet ikke nøyaktig når den ble bygd, men de fleste norske stavkirkene ble reist på 1100- og 1200-tallet. I 1653 fikk kirka nytt tårn og spir, men bygget var allerede gammelt og falleferdig og ble revet rundt 1664.
Ei ny kirke i laftet tømmer sto ferdig i 1665, bygd av den kjente kirkebyggeren Ole Jonsen Hindrum. Tårnet og spiret med årstallet 1653 ble flyttet over fra den gamle stavkirka. Kirka var utstyrt med sjeldne glassmalerier, betalt av lokale givere. På grunn av befolkningsvekst i Vanvikan og lang vei til Hindrem ble det reist en ny soknekirke der – Stranda kirke – i 1897. Kirka fra 1665 ble solgt og revet året etter. Mye av inventaret, blant annet altertavle, prekestol, døpefont og ei av kirkeklokkene, ble overført til Stranda kirke. Glassmaleriene er bevart i Vitenskapsmuseets kirkesamling i Trondheim.
Savnet etter kirka førte til at Hindrem Stavkirkelag ble stiftet i 2003. Leksvik kommune kjøpte tomt tett inntil Hindrem kirkegård, og laget fikk i oppgave å reise ei ny stavkirke på det gamle kirkestedet. Kirka ble bygd som kopi av Haltdalen stavkirke fra 1100-tallet, som står på Trøndelag Folkemuseum på Sverresborg. Skip og kor ble reist sommeren og høsten 2011, og kirka ble ferdigstilt og utstyrt i 2012. Byggearbeidet ble ledet av Trond Staberg fra Mosvik, og en stor del av arbeidet ble utført som dugnad. Mye av inventaret er gitt som gaver.
Hindrem stavkirke ble vigslet 9. september 2012 av Nidaros-biskop Tor Singsaas, med rundt 300 mennesker til stede. Kirka er den tredje på omtrent samme sted og har beholdt spiret med årstallet 1653 fra de tidligere kirkene. I dag brukes den til gudstjenester, vielser, dåp, begravelser og konserter.
